商城县档案馆内设办公室、保管利用股、业务指导股三个股室。

(一)办公室

协助馆领导处理日常工作; 负责文秘、机要、保密、档案、宣传、统计、财务、后勤服务、消防保卫工作;负责组织人事、机构编制、工资、考核、职称评定等工作;负责干部队伍建设和档案专业人员继续教育、业务培训等工作;负责离退休干部工作；负责机关党建、纪检、精神文明建设、统战工作; 负责全县数字档案馆建设、中心机房的管理、运维工作。

(二)保管利用股

负责县委、政府、人大、政协，县直各单位、各乡(镇)和村民委员会以及重点项目档案、专业档案、个人档案等的收集、保管和编目利用工作;负责民国档案、革命历史档案的收集、整理和编目利用工作;征集散存在社会上的重要档案资料；负责馆藏档案资料的保护，现代化管理和全县档案目录中心建设工作；开展档案资料的编研、开发利用、鉴定及参考、咨询工作。

   (三)业务指导股

负责全县各级党政群机关、企事业单位档案工作的业务指导;制订全县机关、企事业单位档案工作规划、计划、标准规范，并组织实施;负责县直各单位、各乡(镇)各类档案进馆标准制定和接收工作;指导县直各单位、各乡(镇)、抓好本系统、本乡村的档案工作。